직지사는 418년 아도화상이 지었다고 하며 절의 이름은 아도화상이 절터를 손가락으로 가르켰다는 뜻에서 직지사라 부른다.

직지사 대웅전은 앞면 5칸·옆면 3칸이며 지붕의 옆면이 여덟 팔(八)자 모양인 팔작지붕으로 되어있어 그 모습이 화려하다.

내부에는 원래 석가모니불상만을 모시나 이곳에는 약사·석가·아미타불의 세 불상을 모시고 있다. 또한 영조 20년(1744)에 만들어진 불화도 있는데 6m나 되는 비단 위에 그려졌다. 이 불화는 크게 세 부분으로 나누어지는데 왼쪽은 약사불화, 가운데에는 석가후불탱화, 오른쪽은 아미타탱화가 있다. 모두 짜임새 있는 구성과 불·보살상의 뛰어난 묘사, 안정감 있는 색깔, 정교한 장식표현 등이 조선시대 후기 불화의 대표적인 작품이라 할 수 있다.

직지사 대웅전은 짜임새 있는 규모와 화려한 모습 등 뛰어난 건축미를 보여주는 조선 후기(18세기)의 건물이다.