수산동굴은 총길이 약 4,520m의 대형 용암동굴로서 용암석주, 3층구조, 용암선반, 용암종유, 용암교, 지굴의 발달 등 각종 미지형 및 생성물들이 잘 발달되어 있다. 또한, 제주도 형성사를 밝힐 수 있는 석영 포획물이나 여러 화성암으로 구성된 포획암들이 다량 산출되고 있어 학술적 가치가 매우 크다.

현재 수산동굴은 동굴생성물 등의 보호를 위해 공개제한지역으로 지정되어 있어 관리 및 학술 목적 등으로 출입하고자 할 때에는 국가유산청장의 허가를 받아 출입할 수 있다.