용문사는 신라시대 원효대사가 금산에 세웠다는 보광사를 후에 이곳에 옮겨 지은 것이라 전하나, 처음 지은 때는 정확히 알지 못한다. 처음에는 첨성각만이 있었으나, 조선 현종 2년(1661)에 탐진당과 적묵당을 지었다. 이렇게 절의 규모가 커지자 이곳이 보광사보다 좋은 곳이라 하여 보광사의 대웅전과 봉서루를 옮기고 용문사라 이름하였다. 지금의 건물들은 임진왜란(1592)으로 불탄 것을 다시 지은 것이며, 승병을 일으켜 왜군과 싸운 절이라 하여 숙종 때 왕실의 보호를 받았다.

용문사 대웅전은 앞면 3칸·옆면 3칸의 규모이며, 지붕 옆면은 여덟 팔(八)자 모양의 화려한 팔작지붕집이다. 기둥은 대체로 낮고 가운데 부분이 다소 볼록한 배흘림 기둥이다. 처마를 받치면서 장식을 겸하는 공포는 기둥 위와 기둥 사이에도 있는 다포식으로, 앞면의 기둥과 기둥 사이에는 2구씩 공포를 배치하였다. 처마 밑에는 절의 이름에 어울리게 용의 머리가 조각되어 있으며, 공포부분에는 연꽃무늬 장식을 하였다. 겹처마 건물로 덧서까래가 길어서 전체적으로 지붕이 위로 휘어져 들려보이며, 네귀퉁이에 추녀를 받치는 기둥인 활주가 있다. 내부의 불단 위에는 화려한 닫집을 달아 장엄하였다.

용문사 대웅전은 조선시대의 전형적인 법당 건축을 보여주는 건물이다.