용문사는 통일신라 경문왕 10년(870)에 두운이 세운 절이다. 두운이 용문산에 이르렀을 때 바위 위에서 용이 영접하였다 하여 붙인 이름이다.

자운루는 2층 누각집으로 고려 의종 20년(1166)에 자엄대사가 세웠으며, 조선 명종 16년(1561) 고쳐 짓고, 광해군 13년(1621)에도 고쳐 지었다. 그 뒤, 1979년에 보수하여 오늘이 이르고 있다.

지붕 처마를 받치기 위해 장식하여 만든 공포는 새 날개 모양으로 짠 익공 양식으로 꾸몄다. 안쪽 천장은 뼈대가 그대로 드러나 있는 연등천장이다.

임진왜란 때는 승병들을 지원하기 위해 이곳에서 짚신을 만들어 조달한 신방의 기능을 수행한 호국의 장소이기도 하다. 건축 양식으로 보아 조선 중·후기의 기법을 지니고 있으며, 불교 행사가 있을 때 법 공양 장소로 활용되고 있다.