봉곡사 목조석가여래좌상은 봉곡사 대웅전의 주존으로 봉안되었으며, 전체높이 112cm, 무릎폭 79cm 규모의 중형 불상이다. 불상은 규모에 비해 머리가 신체에서 차지하는 비례가 큰 편이며 이로 인해 상대적으로 어깨가 좁은 것처럼 보인다. 특히 머리 크기, 목 굵기와 비교했을 때 드러난 가슴과 승각기의 폭이 짧게 묘사되어 불신에 비해 두상이 더욱 크게 보인다. 얼굴은 상하로 길고 이마가 넓으며 턱이 둥그스름하여 위에서 아래로 갈수록 좁아지는 형태이다. 머리는 육계 구분이 없는 반구형이며 큼지막한 나발이 빽빽하게 들어차 있다. 정수리 상단에는 원통형 정상계주, 그 아래쪽에는 반원형 중간계주를 표현했다. 눈썹에서 코로 이어지는 선과 반듯하고 평평한 콧등 표현이 특징적이다.

목조석가여래좌상은 오른손으로 항마촉지인을 취하고 왼손은 살짝 들어올려 수인을 결하고 있다. 왼손은 별도로 조성해 분리가 가능하다. 불상은 변형편단우견의 착의로 인해 오른팔과 가슴 일부가 드러났으며, 가슴 아래에는 승각기를 착용했다. 오른쪽 어깨에 반쯤 걸친 대의는 오른쪽 팔꿈치를 감싸고 복부를 지나 왼쪽 어깨의 대의로 연결된다. 왼쪽 어깨를 감싼 대의 옷깃은 끝이 잘려나간 듯 사선으로 뾰족하게 표현했다. 결가부좌한 하반신의 옷주름은 조각을 깊게 하여 요철을 강하게 부각했다. 하반신 중앙의 폭넓은 주름을 중심으로 좌우에 강렬한 양감의 옷주름이 흘러내리는 모습을 표현했다. 특히 옷주름과 상받침이 맞닿는 부분은 절단면처럼 각이 지도록 조각하여 옷주름을 부각했다. 왼쪽 무릎 위에는 잎사귀 형태의 옷자락이 흘러내리는 모습을 표현하였는데, 옷주름이 중첩된 형태가 과장되어 있다.

봉곡사 목조석가여래좌상은 17세기 후반에 제작된 것으로 추정되는 상으로 사찰에 전하는 복장물의 개봉상황이나 물목이 완전하지 않고 발원문도 없어 제작자와 제작배경 등을 특정하기는 어렵지만, 전체적인 상의 양식적 특징은 17세기 중후반에 활동한 조각승 혜희의 제자인 조각승 조능과 유사하다. 따라서 이 상은 조능 혹은 그 유파의 조각승들에 의해 조성되었을 가능성이 높다.