패총(貝塚)이란 수렵·어로·채집에 의하여 살아온 옛 사람들이 조개를 먹은 뒤 버린 조개껍데기와 생활쓰레기가 함께 쌓여 이루어진 유적으로 조개더미라고도 한다.

신안 가거도패총은 가거도 북쪽 끝에 있는 등대의 서쪽 경사면에 있다. 이 패총은 1968년 서울대학교 인류학 조사팀에 의해 발견되었다. 처음 조사될 당시에는 연대가 신석기 후기의 것이며 서해안의 신석기유적과 관련이 깊은 것으로 보았으나 최근에는 이 유적에서 돋을무늬토기나 눌러찍은무늬토기 등이 출토되는 것으로 보아 연대가 신석기 전기까지 올라갈 수 있으며 남해안 일대에 퍼져있는 신석기시대 패총과 공통점이 많다는 것을 알게 되었다.

신안 가거도패총은 고고학계 연구가들의 귀중한 자료로서 활용가치가 있어 기념물로 지정하여 보전하고 있다.