영헌공 김지대의 충효를 기리기 위해 세운 서원이다. 김지대(1190∼1266)는 고려 고종 때 문신으로 청도 김씨의 시조이다. 고종 4년(1217)에 거란이 침입하자 병환 중인 아버지를 대신하여 나가 싸워 충과 효를 동시에 이루기도 하였다.

남계서원은 조선 숙종 30년(1704)에 지었다.