대구 보현사 목조여래좌상은 안정적인 비례, 방형의 얼굴과 온화한 인상, 왼쪽 측면의 Ω형 옷주름 끝단, 복부의 편삼과 대의가 교차하며 각지게 접힌 편삼 주름 등이 돋보이는 불상이다. 이 불상의 제작과 관련된 기록은 없으나, 조선후기 대표적인 조각승 현진(玄眞)이 제작한 대구 동화사 목조아미타여래삼존상(1629년, 보물), 대구 북지장사 목조아미타삼존불좌상(문화유산자료)의 여래좌상 얼굴, 아미타설법인의 수인, 옷 표현에 이르기까지 상당히 유사하여 양식적으로 현진이 제작한 것으로 추정된다. 또한 일제강점기 동화사의 사찰재산대장인 ‘동화사본말사재산대장’에 의하면 이 불상의 원 봉안처는 동화사였으며 근대기에 동화사포교당인 보현사 건립 이후 이안된 것으로 보인다. 제작과 관련된 명료한 기록은 없으나 형태적 특성상 조선후기 최고의 조각적 역량을 지닌 현진의 작품으로 조선후기 불교조각사, 현진의 개인 양식 변천사를 이해하는데 중요한 자료적 가치가 있다.