채운암은 고려 충렬왕 3년(1277) 도일선사가 세운 암자로 조선 광해군 2년(1619) 혜식선사가 고쳐 지으면서 채운암이라 하였다. 효종 4년(1655)에는 혜일선사가 지금의 자리에 욱장사를 지었으나 구한말 왜병의 침입으로 대부분이 불에 타서 없어지고, 1948년 대홍수로 채운암이 파괴되었다. 1949년에 남아 있는 요사채의 일부를 지금 있는 자리에 옮겨 채운암이라 부르고 있다.

채운암 대웅전의 안쪽에는 목조여래좌상(충청북도 유형문화유산)을 모시고 있다.