마도진은 고려말 이래 영호남에서 조세로 내는 곡식을 실어나르는 조운선이 통과하는 지역으로, 이를 약탈하려는 왜구를 방어하기 위해 연산군 5년(1499)에 진성을 쌓게 되었다. 그리고 이곳에는 종4품의 무관직인 만호를 배치하였다.

『여지도서』에 따르면 이 성의 둘레는 890척(약 270m), 높이는 1척(약 3.7m)이라고 기록되어 있다. 현재 성벽의 총 연장길이는 730m 정도이며, 정사각형 또는 직사각형의 커다란 돌로 만든 기단 위에 가로 30㎝, 세로 20㎝ 정도되는 작은 돌들을 이용하여 쌓아올렸다.

현재 마도진 만호성지의 총 면적 4237㎡ 가운데 대부분이 개인의 소유인데, 성곽 흔적인 돌담과 다른 흔적들도 보존되어 있다.