연기 운주산성은 충청남도 연기군 전동면 3개 마을과 전의면 2개 마을에 걸쳐 있는 산성으로, ‘고산산성’이라고 부르고 있다.
해발 460m의 운주산 정상을 기점으로 하여 3개의 봉우리와 계곡을 감싸고 있는 형태이다. 성의 둘레는 바깥의 외성이 3210m, 안쪽의 내성이 1230m이며, 성벽의 높이는 2∼8m, 폭은 2m이다. 내성의 벽은 흙을 층층이 다져 쌓았고, 외성의 벽은 바깥면을 돌로 쌓은 후 안쪽에서 흙을 밀어넣고 다져 쌓은 형태이다.
성안의 평지 및 구릉에는 크고 작은 건물터가 보이고, 백제 토기조각과 고려·조선시대의 기와조각들이 보인다. 서·남·북쪽에서 성문터가 확인되는데 붕괴상태가 심해서 자세한 형태는 알 수 없다.
이 산성은 백제 때 쌓은 성으로 백제가 멸망하고 일어났던 백제 부흥운동군의 최후의 항전지로 알려져 있다. 최근에 연기군에서 복원작업을 하여 성곽 188m를 보수하였다.