남해 화방사 고문서는 관에서 개인에게 발급하는 완문(完文)으로 어떠한 사실이나 권리, 특전을 인정해 주는 확인서이다. 관에서 발급해주는 경우도 있으나, 대개는 당사자나 해당 기관의 진정 요청에 의하여 관에서 발급했다. 화방사 고문서는 통제영에서 남해 화방사에 발급했던 자료로서 갑진년(甲辰年) 9월, 을사년(乙巳年) 정월, 무신년(戊申年) 6월, 무신년(戊申年) 9월 네 차례에 걸쳐 작성된 것으로 보인다. 1784년과 1788년에 충렬사를 관리하는 승려들에게 잡역 면제와 채마밭에 대한 경작권 보장, 통제영에서 필요한 군사용 수목의 관리를 책임지는 대신 부역을 면제한다는 것을 확인할 수 잇는 자료이다.
남해 화방사 고문서는 발급 시기가 명확하고, 당시 사회상을 파악하는 데 도움이 되는 자료이므로 경상남도 문화유산자료로 지정되었다.