구 목포세관 본관 터 및 창고는 대한제국 시기 개항(開港)과 함께 목포에 설치․운영되었던 ‘세관’ 청사 건물과 관련시설의 흔적들로, 축항(築港) 시설 등과 함께 근대기 개항도시에서의 중요한 건축사적 의미를 내포하고 있다